ก่อนที่จะมาเป็นโรงเรียนกีฬาจังหวัดศรีสะเกษ
โรงเรียนกีฬา สังกัดสำนักงานพัฒนาการกีฬาและนันทนาการ (กรมพลศึกษาเดิม) กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา ตั้งขึ้น ตามนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการยกระดับ และพัฒนามาตรฐานทางการกีฬาให้ได้ทัดเทียมนานาอารยประเทศ ด้วยการส่งเสริมการกีฬาอย่างกว้างขวางและทั่วถึง ตลอดจนเสริมสร้างคุณภาพชีวิตและพัฒนามาตรฐานนักกีฬาให้มีขีดความสามารถในการเข้าร่วมการแข่งขันกีฬากับนานาชาติได้ดียิ่งขึ้น ประกอบกับคณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม 2532 ให้ประเทศไทยเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันกีฬาเอเชี่ยนเกมส์ ครั้งที่ 13 ในปี พ.ศ. 2541 และแข่งขันกีฬาโอลิมปิคในปี พ.ศ. 2547
กรมพลศึกษา ได้มอบหมายให้ศึกษาสภาพปัญหา ในการพัฒนาการพลศึกษาและการกีฬาทั้งของประเทศไทยและต่างประเทศ เพื่อเป็นแนวทางในการดำเนินงานส่งเสริมและพัฒนามาตรฐานการกีฬาและจัดทำโครงการละเอียดเสนอต่อกระทรวงศึกษาธิการและคณะรัฐมนตรีตามลำดับ ต่อมา กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนกีฬาแห่งแรกขึ้น ในปี พ.ศ. 2533 ซึ่งเรียกว่า โรงเรียนกีฬาเต็มรูปแบบ คือ โรงเรียนกีฬาจังหวัดสุพรรณบุรี ในปี พ.ศ.2536 ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนกีฬารูปแบบประหยัดขึ้นอีก 3 แห่ง และคณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบที่จัดตั้งโรงเรียนกีฬารูปแบบประหยัดขึ้นให้ครบทุกเขตการศึกษา
เมื่อวันที่ พฤศจิกายน 2540 รศ.ดร.ทองคูณ หงส์พันธุ์ อธิบดีกรมพลศึกษาในสมัยนั้นได้เดินทางมาจัดประชุมสัมมนาโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาขึ้นในปีงบประมาณ 2541 ที่วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัด ศรีสะเกษโดยการสนับสนุนของ นาย บุญชง วีสมหมาย สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดศรีสะเกษ (อดีตเลขาธิการนายกรัฐมนตรีในขณะนั้น) ได้เสนอจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดศรีสะเกษโดยนาย ชุมพล ศิลปอาชา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ลงนามในประกาศเมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2540
โรงเรียนกีฬาจังหวัดศรีสะเกษ เป็นโรงเรียนกีฬารูปแบบประหยัด ในการดำเนินโครงการระยะแรกนายสิทธิพร หวังดี อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดศรีสะเกษ (สถาบันการพลศึกษาวิทยาเขตศรีสะเกษ) อนุญาตให้ใช้อาคารของวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดศรีสะเกษเป็นอาคารสำนักงานชั่วคราว ได้ปรับปรุงอาคาร หอพักของวิทยาลัยพลศึกษาเป็นหอพักนักเรียนที่เข้าเรียน ในปีการศึกษา 2541 ใช้สนามและอาคารฝึกกีฬาของวิทยาลัยและอาคารกีฬาของการกีฬา แห่งประเทศไทย เขต 3 จังหวัดศรีสะเกษ เป็นสถานที่ฝึกนักเรียน โดยมี นายนิติพันธ์ สระภักดิ์ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนเป็นคนแรก โรงเรียนกีฬาจังหวัดศรีสะเกษ จัดการเรียนการสอนระดับมัธยมศึกษาตอนต้นและมัธยมศึกษาตอนปลายวิชาชีพพลศึกษาและการกีฬา ส่วนวิชาสามัญเรียนร่วมกับโรงเรียนสามัญในโครงการร่วมจัดการศึกษาสังกัดกระทรวงศึกษาธิการในจังหวัดศรีสะเกษ เพื่อเป็นการประหยัด งบประมาณ ทั้งด้านบุคลากร อาคารสถานที่ วัสดุอุปกรณ์ ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการเรียนวิชาสามัญเพื่อก่อให้เกิดผลดีในด้านการเรียนการสอน แก่นักเรียนมากที่สุด โครงการร่วมมือจัดการศึกษา ได้แก่
1. โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 29
2. โรงเรียนสตรีสิริเกศ
3. โรงเรียนศรีสะเกษวิทยาลัย
4. โรงเรียนสิริเกศน้อมเกล้า
5. โรงเรียนไกรภักดีวิทยาคม
6. โรงเรียนเทศบาล 2 (รัชมังคลานุสรณ์)
นอกจากนี้ยังได้ร่วมมือจากบุคคลต่างๆ ในจังหวัดศรีสะเกษอีกเป็นจำนวนมาก
ปีการศึกษา 2541 กรมพลศึกษา มอบหมายให้โรงเรียนกีฬาจังหวัดศรีสะเกษ เปิดรับสมัครนักเรียนระดับมัธยมศึกษาตอนต้นและตอนปลาย โดยเปิดการเรียนการสอนและฝึกกีฬา 6 ชนิด ได้แก่ กรีฑา ยิมนาสติก ยูโด ยกน้ำหนัก มวยสากล แฮนด์บอล จำนวนประมาณ 70 คน